《尼尔：自动人形第二季》的故事背景设定在公元5012年，这一时期的人类正面临着前所未有的生存危机。外星人入侵地球，利用其先进的科技手段控制了大量机械生物，导致人类的生存环境急剧恶化，文明几乎走到了灭亡的边缘。在这场生死攸关的危机中，幸存的人类被迫撤退到月球，试图在这个遥远的地方重建家园，并策划夺回被外星人占领的地球。
为了重新夺回对地球的控制权，人类开始研发并部署人造士兵，作为反击外星人和机械生物的武器。然而，随着机械生物数量的不断增加，战争的局势逐渐陷入僵局，人类迫切需要一种能够扭转战局的终极武器，以打破这一僵持的局面。
在这样的背景下，人类决定派遣一支全新的人工人类部队——「寄叶」，前往地球执行一系列重要的任务。这支部队的成员包括被派遣到地球的战斗型人造人「2B」和负责先行调查的「9S」。两者在执行任务的过程中相遇，并决定联手合作，面对即将到来的挑战。
然而，在他们的任务过程中，接连发生了许多神秘而难以解释的事件和现象，这些情况使得原本简单的任务变得愈加复杂和扑朔迷离。随着剧情的发展，观众将看到一系列紧张刺激的情节，这些情节不仅充满悬疑和挑战，还引发了对人类与机械生物之间关系的深刻思考。
《尼尔：自动人形第二季》的故事情节紧紧围绕着人类与外星人之间的生死搏斗，以及人类对地球控制权的渴望展开。同时，剧情也揭示了人类与机械生物之间错综复杂的关系，观众在观看过程中能够感受到深刻的情感共鸣和思考。通过扣人心弦的故事情节和角色之间复杂的互动关系，这部作品为观众呈现了一个充满未知与挑战的宏大世界，让人不禁沉浸其中，期待着故事的进一步发展和最终结局。">
